La Cofradía de la Oración del Huerto y la Vera Cruz de Medina del Campo tiene su origen en la antigua Cofradía Penitencial de la Santa Vera Cruz, San Andrés y San Vicente Ferrer, fundada en marzo de 1544, siendo dicha cofradía la más antigua de las existentes en la Villa de las Ferias. Esta cofradía fue fundada en una capilla sita al monasterio dominico de San Andrés, en cuyas inmediaciones regentaba un hospital. Sin embargo, más adelante edificará a su costa su propia capilla, con hospital para pobres y corral de comedias, en la actual Plaza del Pan de Medina del Campo, vulgarmente conocida como Plaza de la Cruz.

Organizaba dos procesiones de disciplina. La procesión de la Vera Cruz (noche del Jueves Santo) de la que hay noticias de su salida desde el siglo XVI hasta el primer cuarto del siglo XX y que era popularmente conocida como procesión de los pobres y la procesión pequeña "del entierro de Cristo y Santo Sepulcro" (noche del Viernes Santo). También tenemos noticias de que en los últimos años del siglo XIX acompañaba a la cofradía de Nuestra Señora de las Angustias en la procesión General del Santo Entierro o del Silencio en la tarde-noche del Viernes Santo, popularmente conocida como procesión de los ricos, aportando a dicha procesión los pasos de "La Oración del Huerto", "El Nazareno" y "Santo Cristo Yacente". El hábito original con el que desfilaban sus Hermanos era túnica negra con capa y capirote verdes.

Ya en la segunda mitad del siglo XX, concretamente en el año 1955, la cofradía de la Santa Vera Cruz contaba únicamente con siete hermanos cofrades, la mayor parte de ellos hortelanos, que sólo podían hacer frente a la salida en procesión de un único paso, "La Oración del Huerto". Por este motivo, la prácticamente inexistente Cofradía de la Vera Cruz se renueva, integrándose en ella los miembros de la Juventud Obrera Católica (JOC), cambiando su nombre secular por el de "Cofradía de la Oración de Jesús en el Huerto", redactando nuevos estatutos (aprobados en 1956) y tomando el hábito que años atrás (1943) había adoptado la Cofradía del Despojo de Valladolid, también patrocinada por la misma entidad católica consistente en túnica roja y capa color crema, desfilando en las procesiones con la cara destapada, esto es, sin capirote.

La cofradía mantenía su sede en la iglesia de la Cruz a pesar de que desde 1885 había dejado de tener servicios religiosos al desaparecer la Parroquia de Santa María del Castillo, que ocupó la iglesia penitencial de la Santa Vera Cruz hasta esta fecha, pasando a depender de la Parroquia de San Antolín. Desaparecieron los servicios religiosos a excepción de los propios de la cofradía que seguía manteniendo sus salidas procesionales desde esta iglesia. Así fue hasta 1961 cuando la JOC solicita permiso al arzobispado para derribar la iglesia y construir en su lugar viviendas sociales. La autorización del arzobispado de Valladolid llega en 1962 y se derriba la iglesia, dispersando los bienes de la cofradía por diversos templos de Medina del Campo y la provincia de Valladolid, aunque se perdió gran cantidad de patrimonio, sobre todo documental.

Comienza aquí un largo peregrinar de la cofradía con su paso titular "La Oración del Huerto", único bien mueble que se permitió a la cofradía que mantuviera. Así, y después de muchas pesquisas con el párroco de La Colegiata de San Antolín, se permite a los cofrades resguardar el paso en el templo colegial.

Fue en el año 1992 cuando, en una Junta de la Cofradía, los cofrades deciden recuperar el capirote para los desfiles procesionales y volver a desfilar con la cara tapada.

En el año 1995, la cofradía de "La Oración del Huerto" acompaña un nuevo grupo escultórico en la procesión del Silencio en la tarde-noche del Viernes Santo. Se trata de "El Lavatorio", obra reciente del escultor Mariano Nieto. A la llegada del nuevo paso a Medina, se decide instalar éste en el locutorio del convento de las Madres Agustinas y cederlo a la cofradía de la Oración del Huerto para que pudiera procesionarlo, haciéndose cargo esta cofradía del montaje, carroza y gastos que ello ocasionase. Ese mismo año y por este motivo, una representación de la cofradía asiste a los cultos de Semana Santa que se celebran en el convento de las Madres Agustinas para acompañar a las monjas y al nuevo paso. Al año siguiente, debido a las obras de restauración que se están produciendo en La Colegiata y por el peligro que puede suponer para las imágenes del paso de La Oración del Huerto, se decide trasladar el paso, con el consentimiento de las monjas, al convento de las Madres Agustinas. El traslado del paso titular significó la celebración, a partir de esta fecha, de todos los cultos de la cofradía en el convento.

Igualmente, en el año 2002 un grupo entusiasta de cofrades plantea la posibilidad de recuperar el nombre antiguo de la cofradía y se solicita de esta forma al Arzobispado de Valladolid el cambio de denominación así como el domicilio social y religioso de la Cofradía. El 15 de Mayo del año 2003 el arzobispado de Valladolid aprueba dicho cambio pasando a denominarse Cofradía de la Oración del Huerto y la Vera Cruz y teniendo su sede en el Convento de las Madres Agustinas de Medina del Campo.

Actualmente la cofradía está formada por 250 hermanos, siendo una de las cofradías medinenses que cuenta con más jóvenes entre sus filas, lo que augura un futuro esperanzador.